La Iglesia en Transformación es dirigida a través de un equipo de liderazgo que ha sido electo por los propios miembros de la comunidad en asamblea general.

Esta elección se realiza de acuerdo a la estructura organizativa que establecen los Estatutos, teniendo a la asamblea general como la máxima autoridad, de donde emanan las directrices para el caminar de la Iglesia.

La asamblea general se reúne periódicamente para analizar y aprobar las estrategias de acción, planes de trabajo y proyectos a ejecutar por la Iglesia, así como la revisión y aprobación de los informes financieros y de ejecución.

Igualmente elige a los miembros del concilio o equipo de ancianos de la Iglesia, a los que se les delega la autoridad para la ejecución de los planes de trabajo y proyectos, vigilando por el uso correcto de los recursos destinados a cada una de esas acciones bajo los principios de transparencia y apertura a la información.

Para esto, el Concilio cuenta con la ayuda de otros hermanos que coordinan las diferentes áreas de trabajo, y estos a su vez, se apoyan en la participación voluntaria del resto de miembros de la Iglesia, que colaboran en todas las actividades según el llamamiento de Dios, sus dones y talentos.

La asamblea general también elige al Equipo de Pastores, que actualmente está integrado por Walter Molina, Ethel Turcios de Martínez, Samuel Matute y Carlos Cuéllar, quienes han asumido el reto de dirigir el proceso de formación y transformación a través del modelo del discipulado.

El actual Equipo de Pastores asumió esa responsabilidad, luego de la salida del Pastor Jairo Sarmiento y su familia, quienes realizan un trabajo misionero en los Estados Unidos.

A través de la historia, la Iglesia en Transformación también ha sido dirigida por el Reverendo Guillermo Jiménez, pastor fundador, y los pastores Javier Sierra, Jorge Pinto, Carmen de Jiménez y Reynaldo Molina, que con su servicio y dedicación han contribuido al crecimiento entre los miembros de la congregación.